税收凭证是对电子商务进行征税的主要困难，由于电子商务是无纸化交易，征税比较困难。特别是由于目前信用卡、储蓄卡等银行卡的普及率较低，网上看货、离线现金交易的情况非常普遍，这种情况使税收几乎成为“不可能完成的任务”。同时，目前中国的电子商务仍处于起步阶段，无论是网上交易的比重还是绝对数额都很低。据统计，去年我国电子商务交易额只有
5500万元，仅占全国消费品零售总额的0.02％，即使征税，也不会给国家财政带来多大收益，但是其负面效应却难以预料。目前大多数网站都在吃老本，如果在这时征税，将有可能造成一些网站关门，以至于会延缓或限制电子商务的发展。因此，目前有关方面对电子商务是否征税态度谨慎。但是由于电子商务的发展也非常快，对经济的拉动作用又非常大。国家税务总局已经专门成立了电子商务税收对策研究小组，加紧研究具体税收框架。